Unter praktischen Gesichtspunkten wird nach dem sogenannten DHS-System unterschieden:
- Dermatophyten: siehe: Dermatophyten-Infektion
- Hefen und morphologisch ähnliche Pilze (sogenannte dimorphe Pilze): siehe: Candida-Infektionen, Blastomykose, Kokzidioidose, Histoplasmose.
- Schimmelpilze: siehe: Aspergillose, Mucor-Mykose

Siehe auch "Molekulare Pilzdiagnostik, Multiplex-PCR"